治疗肛裂的药物比较常用的是以肛门的局部用药为主，一般会推荐患者使用中药进行坐浴和熏洗，可以使用复方荆芥熏洗剂。另外，还可以使用稀释的高锰酸钾溶液进行坐浴和清洗。肛裂的局部还可以涂抹复方角菜酸酯乳膏或者是硝酸甘油软膏，都具有一定的止痛促进裂口愈合的作用。
如果肛裂经过药物治疗以后症状不改善，或者是已经发展成了陈旧性的肛裂，并且出现了哨兵性的外痔以及肥大肛乳头的生长。药物治疗效果往往不再理想，主要的治疗方法就是通过手术进行治疗。
通过手术切除肛裂的裂口，以及伴随生长的哨兵性外痔和肥大的肛乳头，在手术之后按时进行换药，促进术后伤口的愈合。