虹膜色素痣分为局限性色素痣和弥漫性色素痣。虹膜色素痣一般为良性，但也可发生恶性变。
局限性色素痣可以不用处理，但需要定期检查。若色素痣在短期内出现迅速长大、颜色加深、边界不清晰则可能发生恶变，这种情况需要立即手术治疗。
若为弥漫性虹膜色素痣，由于色素可能导致小梁网堵塞，影响房水流出，导致眼压升高，继发青光眼，需手术治疗。大多数的虹膜色素痣都是良性，病情也比较稳定，仅有少数会发生恶变。因此需要定期做裂隙灯、显微镜检查。