自身免疫性角膜炎本身就是角膜病变，常见的免疫性角膜炎有蚕蚀性角膜炎、自身免疫性结膜炎，也可引起患者出现角膜病变。
本病表现为眼表上皮损害和泪膜稳定性下降，影响患者视力。自身免疫性结膜炎，可见于干燥综合征以及Steven-johnson综合症。
干燥综合征可以引起角膜上皮点状缺损，也可形成丝状角膜炎。Steven-johnson综合征除了皮肤粘膜多形性红斑的表现以外，还可伴有结膜炎、巩膜炎、角膜溃疡以及葡萄膜炎的表现。