功能性胃肠病就目前没有确定的药物可以治疗此病，但对于单纯有胃肠道不适的患者，可以根据自身情况来选择适合的药物。
如果患者伴有情绪上的问题，也可以通过抗抑郁药物或抗焦虑类药物来进行调节，从而让功能性胃肠病的症状有所消失或缓解。除了注意药物治疗外，也需要通过以下方式进行改善：
1.通过按摩，生活中患者也可以经常按摩腹部，可以使胃肠道消化功能有所增强，从而缓解疾病症状。
2.调节饮食习惯，如果长时间大量饮食也会诱发胃部和肠道疾病，所以在治疗过程中也需要保证良好的饮食习惯。