心电图不合格要根据具体情况，选择合适的处理措施。
如果是心脑供血不足造成的ST段压低、T波的低平或者倒置，这种情况要通过使用硝酸酯类药物、β受体阻滞剂等药物治疗，增加供血，减少心肌的耗氧量。这样心肌的供血改善以后心电图的图形就有可能恢复，对严重的冠心病也可以考虑植入支架恢复心肌的供血。
如果心电图上有心律失常发生，需要根据心律失常的类型，选择合适的抗心律失常药物进行控制。如果有心室的扩大，或者肥厚需要针对病因进行治疗，像高血压引起的要积极控制血压，先心病或者风心病引起的要通过介入治疗，或者手术治疗进行处理。
有些心电图不合格并不需要处理，像左室高电压或者电轴左偏、右偏或者心脏的束支传导阻滞。这些尽管心电图不合格，但是对心脏的功能和射血并没有影响，也不会影响人体的健康，这种心电图不合格并不需要治疗。
因此需要根据心电图不合格的类型来判断是否治疗，如何治疗。