胃空肠吻合术并发症包括近期并发症和远期并发症，近期并发症多在术后两周内发生，常见的有十二指肠残端瘘、胃肠道出血、急性输入袢、输出袢梗阻、胰腺炎和胃排空障碍等，这一类疾病多由外科医生处理。另一类是术后远期并发症，也称为胃部手术后远期并发症，远期并发症包括倾倒综合征、盲袢综合征、残窦综合症、溃疡复发、碱性反流性胃炎、残胃癌以及胃切除后的营养不良等。
倾倒综合征包括早期倾倒综合征和晚期倾倒综合征。早期倾倒综合征是指胃部手术以后，由于失去了幽门和胃的正常生理功能，胃内的食物突然进入十二指肠或空肠而引起的一系列症状。晚期倾倒综合症也称为餐后血糖过低症，是指在餐后一到两小时内发生的低血糖症，晚期倾倒综合征发生率较低，约占全部倾倒综合征的25%。盲袢综合征是指小肠内容物在肠腔内停滞和细菌过度繁殖引起的腹泻、贫血、吸收不良和体重减轻的综合征。残窦综合征是指毕Ⅱ氏手术胃窦切除不全，残留胃窦粘膜受到反流，十二指肠液刺激而产生大量的胃泌素，使胃酸浓度过高而引起的综合征。复发性的消化性溃疡是指消化性溃疡病人，经胃切除术后再次发生的溃疡。