尿道息肉和尿道结石的区别，在发病机理上是不同的。尿道息肉指的是尿道黏膜发生息肉样的改变。而尿道结石指的是肾结石，或者是膀胱结石，结石排到尿道管腔内，堵塞在尿道内而成为尿道结石。
两者的临床症状也有所不同。由于尿道息肉发病是一个逐渐的过程，因此病人表现为进行性的排尿困难。而尿道结石，结石是突然堵塞尿道，因此，病人表现为突然性的排尿困难。
做辅助检查两者也有所不同。做尿道膀胱镜检查，这两者的图像表现是不一样的。有经验的临床医生可以区别出到底是息肉还是结石。拍盆腔以及尿道的X线检查，尿道息肉往往显示是正常，而尿道结石会发现平片中有阳性的结石。