枕神经痛根据分类不同病因也会存在差异。枕神经痛主要分为原发性枕神经痛和继发性枕神经痛。原发性枕神经痛一般没有明显的病因，多考虑可能与不良的睡眠姿势、身体过度劳累、环境过于潮湿、上呼吸道感染或受凉等因素有关。
继发性枕神经痛通常继发于某些疾病之后，比如颈肌损伤、颈椎结核、颈椎间盘突出、颈椎骨质增生、颈椎管狭窄等疾病，这些原发病容易对支配头部的神经造成损伤，进而引起枕神经痛。该病通常在秋末、冬初季节发病，发作前一般会有落枕、感染等病史。