伤寒和副伤寒是需要药物治疗的，两者治疗的药物相似，主要的抗病原体治疗的药物包括第三代喹诺酮类药物或第三代头孢菌素，第三代喹诺酮类药物主要包括左氧氟沙星、氧氟沙星、环丙沙星。
如果对喹诺酮类药物有禁忌证，如孕妇、哺乳期妇女或儿童等，可以使用第三代头孢菌素，包括头孢噻肟、头孢哌酮、头孢他啶、头孢曲松等。抗感染治疗一定要达到足疗程为14天，如果过早的停药，容易诱发细菌耐药，导致疾病的复发而不容易治愈。
除了病原菌的治疗，一般治疗和对症治疗在伤寒和副伤寒的治疗上也很重要。要隔离患者，对他的器具进行消毒，饮食要流食或者软食，以免产生肠道并发症。