阴茎畸形有两大原因，最常见的原因是个体生殖器的发育异常，出现了阴茎外观的畸形会影响到性功能正常的发挥，严重畸形会导致男性不孕和不育。
另一常见原因是外力的损伤，较大外力作用于阴茎部位导致阴茎海绵体受损，出现阴茎的畸形外观。严重的畸形异常也会影响到性功能，同时还可能导致不育。
为了明确畸形的具体原因，还需要结合受伤史，就诊后进行直观查看，彩超检查睾丸、附睾等性腺体、采血做性激素的化验、染色体等相关项目的检查。根据检查结果的提示，综合评估之后，选择适宜的手术方案进行矫形处理。