患有肠结核后一般不会自愈。肠结核一般是由于感染结核分枝杆菌所引起的一种非特异性的慢性疾病。一般在治疗时需要做到早发现、早治疗，这样才能够治愈。
另外，肠结核也有一定的传染性，所以患有肠结核后需要多注意个人卫生。患有肠结核的患者需要多注意营养的均衡性，多吃一些高蛋白、高纤维素的食物。另外，也可以通过接种卡介苗进行预防感染。
进行抗结核治疗后，需要定期进行复查血常规、肝功能、肾功能、肠镜等相关检查项目，根据结果判断治疗效果。