人体感染贾第虫后，平均潜伏期为1-2周，最多45天。 其中很大一部分人没有临床症状，也没有感染昆虫， 有轻度和严重的症状。 典型的患者是吸收不良综合征和腹泻。患者可能会出现腹泻、水样便、腹胀、腹痛、恶心、呕吐甚至电解质紊乱。
贾第鞭毛虫病是一种原生动物疾病，本病的治疗常用的药物是阿苯达唑、甲苯咪唑。如感染严重可以应用内镜下钳取出鞭虫。经彻底治疗后，不发生临床症状或体征，以及粪便检查无包囊即为治愈。
另外，通常要注意水和食物的清洁，不要喝源水。 此外，加强水源管理可以有效防止疾病的传播。