脑囊虫病临床症状多样，常引起严重损害甚至危及生命。脑囊虫病可伴有癫痫，也可伴有眼囊虫病，伴有不同程度的视力下降，癫痫其中大部分是严重的癫痫。
精神症状包括冷漠、智力迟钝、失去时间和方向、精神紊乱、兴奋或躁狂。重症病人有痴呆症，不能自理，重症患者颅内压升高表现为头痛、呕吐、乳头水肿和昏迷。
第四脑室囊虫病可能出现强迫性头部前倾和颈部僵硬，当头部旋转时，如果囊虫病突然阻断脑脊液通路，会引起颅内压急剧升高，导致脑疝和死亡。