一般当肠癌晚期的病人出现了耐药的情况，需要根据引起耐药的原因进行相应的治疗。比如晚期肠癌的病人，可能会对所使用的联合化疗方案产生耐药的现象。这个时候就需要根据病人既往使用的化疗药物的情况，换用其他的化疗药物进行化疗。
如果肠癌晚期的病人对应用的靶向治疗药物出现耐药，常常会根据既往靶向药物使用的情况，选用其他的靶向治疗药物。
近年来随着免疫医学的发展，一部分晚期肠癌对于化疗，或者化疗联合靶向治疗出现耐药的病人，还可以选用免疫治疗药物进行治疗，也收到了一定的治疗效果。