肠道菌群失调症多是由于长时间滥用抗生素、免疫抑制剂、激素、抗肿瘤等药物导致。另外，有些患者饮食习惯改变或者是存在不良的饮食习惯、年龄因素、肠道动力异常等原因，也有可能会导致肠道菌群失调。
导致肠道菌群失调的原因比较多，这些原因都有可能会抑制或者是促进肠道内的菌群生长，破坏肠道菌群的平衡性，使患者出现不适症状。
引起肠道菌群失调症的原因比较复杂，治疗时需要积极治疗原发病，袪除诱因。只要是患者及早地进行治疗，一般预后良好。