预防卵巢囊肿可以从生活习惯、饮食习惯上来预防。高血压、高血脂和高血糖的人群容易出现卵巢囊肿，肥胖的人容易出现卵巢囊肿，因此在饮食上要注意低盐、低脂、低糖饮食，控制自身体重就会降低囊肿的发病率。
每天按时吃饭、早睡觉、不熬夜，适当的每日做一些运动，可以保证良好的身体状态，控制体重，让身体具有预备的、一定的储备力，不会发生内分泌紊乱，也就降低了卵巢囊肿的发病率。
卵巢囊肿有生理性囊肿和病理性囊肿，生理性囊肿是体内激素水平紊乱所导致。而病理性囊肿是指一些有不均质或者恶性病变的囊肿，这一类人的预防没有特殊好的方法，但是如果有家族性肿瘤史的人群，在保证良好的饮食和生活习惯时，可以降低卵巢病理性囊肿的发病率。