阴茎上长水疱，首先要确诊引起水疱的病因，再选择应用药物，不可以盲目用药，否则会导致耽误病情。
阴茎上的水疱可能是炎症，也有可能是疱疹病毒感染，需要前往泌尿外科明确诊断。如果是一般性的炎症引起的水疱，可以在局部涂抹红霉素软膏，结合口服抗生素消炎治疗，一般用药5天左右，炎症可以自行吸收，水疱自行消失。
如果患者有不洁的性生活史，可能疱疹病毒感染，明确诊断后需要增强免疫力，口服抗病毒的药物，涂抹阿昔洛韦乳膏，一般需要用药14天。