四神丸的功效与作用，要具体看其药味组成。中医汤剂命名并非一方一名，经常同一个名字不同药物组成，其功效有所不同。民间常说的是由山药、茯苓、薏仁、莲子组成的四神汤，其功效主要是健脾化湿，常用于因脾虚湿盛导致的纳呆、泄泻、食滞等症。
另有一方为疡医大全所载，由当归、黄芪、金银花、甘草组成，其作用是清热解毒、益气扶正，治疗背痈等痈疮疾病。在仙拈集、普济方等多部医书中，均记载了不同的四神汤。
另外，临床上有医生将四神丸化裁后转变剂型，称为四神汤。功用温肾阳止泻，用于治疗五更泄。