扁桃体肥大的程度达到三度，也是有可能会自愈的。但是具体是否会自愈，需要根据造成扁桃体肥大的原因来判断。
如果是生理性的扁桃体肥大达到了三度，通常肥大的扁桃体有可能会在儿童达到10岁或者是14岁之后，逐渐地慢慢自行萎缩。而较为严重的急性扁桃体炎所引发的扁桃体剧烈的肥大，在急性扁桃体炎得到有效的治疗之后，肥大的扁桃体也会出现消肿的表现。
但如果是因为慢性扁桃体炎频发造成的扁桃体三度肥大，通常就无法自愈，需要进行手术的切除治疗。