肾结石手术和其它手术一样都有一定的危险性。但是，只要选择正规医院和经验丰富的医生操作手术，会把风险降到最低。
目前，在临床上治疗肾结石，通常选择微创手术等方式来进行治疗。微创手术方式对身体的创伤性比较少，而且手术的危险性也比较低。比如输尿管镜碎石或者取石手术，术后常见的风险为血尿或者感染，在手术后通过抗菌消炎药物的应用可以降低感染风险性。
此外还有经皮肾镜取石手术。此手术方法对肾脏的创伤比较大，容易引起肾脏血肿，肾脏损伤等并发症出现。