肾结石手术会有以下风险：
首先，肾结石手术，容易引起肾脏组织淤血，容易诱发肾炎或者肾囊肿。另外，肾结石体积较大的情况下，手术取石后容易挫伤肾脏组织，会引起肾脏组织感染，但是这种情况仍然可以服用对应抗生素预防。
其次，肾结石手术后，还容易引起肾盂肾炎，这时会影响尿液的正常过滤功能，容易使人出现蛋白尿或者血尿，存在血尿或者蛋白尿后需要积极治疗。
肾结石手术属于常见手术，建议选择正规医疗机构进行，可以降低上述风险的发生几率。