临床上并没有专门针对食管癌进行筛查的肿瘤标志物。临床上常用的肿瘤标志物，比如鳞状细胞癌抗原和癌胚抗原，对于食管癌的诊断和鉴别诊断只是起到一定辅助价值。
食管癌的病理类型绝大多数是鳞状细胞癌，所以一部分病人可以出现鳞状细胞癌抗原增高的情况。对于出现鳞状细胞癌抗原增高的食管癌病人，可以通过指标的动态变化观察抗癌治疗的疗效，并且及时发现食管癌的复发、进展或者转移的情况。
食管腺癌是食管癌的少见类型，这部分病人可以进行癌胚抗原标志物检查。如果癌胚抗原出现增高，同样可以通过动态监测观察治疗的疗效，并且判断病人的预后。