女性在怀孕期间做羊水穿刺最常见的副作用，就是可能会导致宫腔感染，而且还可能会引起流产的风险。
同时在羊水穿刺的过程中，穿刺针还可能直接损伤到胎儿，甚至也可能会损伤到胎盘。所以一般建议女性在不是必要的情况下都尽量不要做羊水穿刺，这是属于有创操作，确实有极少部分女性就可能会因为羊水穿刺而出现流产现象。但如果女性在孕期的时候做唐氏筛查，提示是高风险，而且无创DNA，也提示染色体有异常，确实就需要专门做羊水穿刺来确诊胎儿的染色体情况。
另外对于高危孕妇，也建议做羊水穿刺检查，以降低新生儿出生缺陷的几率。