羊水穿刺的副作用，就是有可能会因为做羊水穿刺检查而导致胎儿丢失的可能，虽然这个几率很小，一般因为羊水穿刺检查而引起先兆流产或者流产的几率基本不会超过5‰。但是也是一定要再做羊水穿刺检查之后，严格注意阴道流水、出血的情况等，必要时也是要用一些保胎药物帮助做治疗。
羊水穿刺检查也是有很小的几率会发生羊水栓塞或者是发生感染的可能，但是这些几率都实在是太小了。
羊水穿刺检查如果是很有必要，比如孕妇的年龄超过35岁了或者是唐氏筛查检查的结果是高风险，就都是要做这个检查，而不会因为小几率的风险而放弃。