阿米巴肝脓肿也有一定的后遗症，患有阿米巴肝脓肿后，如果治疗不及时或者是治疗不彻底，有可能会出现脓胸、肺脓肿、继发性的细菌感染等。
阿米巴肝脓肿多是由于化脓性的病菌导致的肝脏部位感染引起的症状，但是当病原菌进入到血液以后，还有可能会导致肝脏发生病变、坏死。
所以，患有阿米巴肝脓肿后需要及时、针对性地选择药物、穿刺引流、外科手术等治疗方法，还需要增强自身的抵抗力，一般预后良好。如果治疗不彻底，还很容易导致肝脓肿反复发作。