一般卵巢囊肿直径超过5cm需要做手术，部分卵巢囊肿虽较小，直径未超过5cm，但随访3个月以上囊肿不消失，或不缩小，或者反而增大的，也是需要手术的。如果B超发现囊肿是部分囊性，部分实性的，或是实性的，这种情况容易发生恶变，也是需要手术的。
如果绝经后妇女发现卵巢囊肿的，此时的囊肿多考虑病理性的，也是需要做手术的，具体的手术方式需要根据卵巢囊肿的性质来决定。
如果是年轻女性，为良性囊肿，一般采取囊肿剥除的手术方式。如果已经绝经，良性囊肿一般行患侧附件切除术。