卵巢囊肿是良性的也需要做手术，如果不做手术在活动或改变体位时，发生卵巢囊肿蒂扭转，导致卵巢坏死需要切除该侧卵巢。
此外卵巢囊肿还有可能发生自发性破裂或外伤性破裂，可出现剧烈腹痛，也可导致腹腔内出血，腹膜炎及休克，卵巢囊肿蒂扭转或破裂后可继发感染。
卵巢囊肿迅速生长有可能会引起恶变。所以为了避免引起严重后果，卵巢囊肿即使是良性的，也需要尽早进行手术。
此外卵巢子宫内膜异位囊肿虽然是良性的，但是也有恶变的可能，还会影响生育，要尽早手术治疗。