糖类抗原指标升高在有些情况下，会出现一些临床的症状，造成患者各种不舒服的感觉。
这主要是由于糖类抗原升高是一些恶性肿瘤疾病所引起的，这些恶性肿瘤疾病由于癌组织对于身体的损害以及侵袭，因此临床上会由于发生部位不同，而产生多种多样的临床不适反应。例如发生于肝脏的恶性肿瘤，可以出现癌胚抗原、糖类抗原199等指标的升高，乳腺癌的患者会出现糖类抗原153等指标的升高。
这些患者会由于恶性肿瘤病变，而出现饮食量下降、肝区疼痛、乳房肿块等多种临床症状。