无痛肠镜一般没有疼痛。无痛肠镜检查是在麻醉下进行，患者一般不会感觉到疼痛。
无痛肠镜检查前一般会通过静脉注射麻醉药物，让患者提前昏睡过去，等麻醉成功后再进行肠镜检查。患者会感觉好像睡着一样，醒来后肠镜就已经做完。整个检查的过程中患者不会出现任何痛苦，但是传统的肠镜检查，会在肛门里面插入一个长1.5米左右的镜子，从肛门插入到大肠里面进行肠道的检查。
检查时会导致患者出现肚子饱胀感，很多患者不能耐受，所以通常都会选择无痛肠镜进行胃肠道的检查与治疗。