做普通肠镜有一定的痛苦。但是每个人对疼痛的承受能力不一样，所以做普通肠镜时是否痛苦因人而异。
有的人做肠镜之前可能会出现紧张、焦虑、对疼痛比较敏感，这样在手术当中就会感觉到比较痛苦。有的人则没有什么太大的感觉，只是感觉到腹部有点胀痛，不舒服。
在做普通肠镜检查时，如果病人不配合，很有可能会对检查的结果造成影响，为了降低病人的紧张情绪及检查结果的准确性，最好选择无痛肠镜检查。在做肠镜检查前，需要进行肠道清理，女性不能在来月经期间进行检查。