甲状腺穿刺一般不会有后遗症出现。但是在甲状腺穿刺后，一定要多注意局部清洁、干燥，预防感染症状出现。
另外，有些患者在甲状腺穿刺以后，有可能会出现局部肿胀或者是呼吸困难的症状。而且在进行甲状腺穿刺以后，如果损伤到周围的神经，也有可能会引起血肿、声音嘶哑、喝水呛咳等症状。这种情况可能由于甲状腺内有出血导致的，需要及时去医院就诊。
甲状腺穿刺是诊断疾病最有效的方法，甲状腺穿刺主要是为了明确甲状腺内结节的性质，而且还可以排除是否有癌变情况存在。