甲状腺结节手术后遗症与结节的性质有关。
如果是甲状腺良性结节，手术后遗症主要是一般手术后遗症，早期可能出现伤口感染、损伤血管、神经及周围组织等，晚期则可能会出现瘢痕组织挛缩，也可以压迫周围神经血管。
如果是恶性结节，特别是恶性程度比较高的结节，已经出现浸润生长的情况，这种情况一般需要扩大手术范围，必要时需要做甲状腺全切或者甲状腺次全切手术，这种情况除了有一般的手术后遗症以外，可能会导致手术后的甲减等情况，术后恢复比较慢。