先天性气管畸形的治疗，首先要进行基础治疗，保证足够的氧气供应，同时配合抗感染治疗。具体的治疗方案，要根据畸形的具体类型进行治疗。先天性气管畸形主要可分为三类：
1.气管狭窄，患儿的主要症状是呼吸困难和发绀。轻度狭窄的患者，一般不需要特殊治疗。重度狭窄的患者，可进行支气管扩张术或其他相应的手术治疗。
2.气管食管瘘，患儿主要表现为慢性咳嗽、反复肺炎。可通过手术，切除瘘管进行治疗。
3.气管闭锁或缺损，患儿主要表现为呼吸困难和紫绀。可进行气管成行手术。