阴茎长白点可能是由于阴茎包皮部位存在较多的皮脂腺，而皮脂腺会分泌出油性物质，这些油性物质容易与尿液残留、包皮部位脱落的污垢等物质相混合，并散在分布于阴茎部位，可表现出现阴茎上有很多小白点的现象。
也可能为阴茎珍珠疹，颗粒状的小白点主要分布在阴茎的冠状沟部位，但并不存在瘙痒和疼痛症状，也不会影响健康，无需进行特殊干预。
此外，还可能为尖锐湿疣，主要是由于不洁的性行为感染了人乳头瘤状病毒所引起。在患病初期可导致患者的阴茎部位出现小白点，伴随病情逐步进展，可逐渐形成菜花状的突起物，需要积极进行抗病毒治疗。