病毒性脑炎可能会复发，多数是由于身体抵抗力低下所引起。
当患者的身体抵抗力过于低下时，容易使病毒感染累及上呼吸道，引发上呼吸道感染，而上呼吸道与人体的脑部组织关系较近，容易侵袭脑部组织，诱发病毒性脑炎复发。病毒性脑炎并不能形成致病病毒抗体，而且病毒容易产生变异，当机体抵抗力降低时，出现类似病毒感染或相同致病菌感染，也容易引起病毒性脑炎复发。
此外，如果患者治疗的疗程不足或抗病毒药物的使用剂量不足，当身体免疫力下降时，也容易导致复发。