小腹轻微疼痛的原因主要包括以下几个方面：
1.可能是由于肠道的一些相关病变引起。可以是由于急性胃肠炎导致的痉挛性疼痛，也可能是由于结直肠回盲部的一些炎症、肿瘤性病变引起，比如溃疡性结肠炎、克罗恩病、结直肠癌等。
2.小腹轻微疼痛也可能是由于泌尿系统的一些疾病导致，比如输尿管的结石、输尿管的炎症、输尿管结核，或者输尿管的肿瘤等。
3.小腹轻微疼痛如果是女性，也可能是由于妇科的一些相关疾病导致，比如双侧的附件炎、子宫肌瘤等，也可能是妇科的一些良性恶性肿瘤导致的。