卵巢巧克力囊肿怎样保守治疗是要看具体情况的。保守治疗只能是用药物来帮助抑制病灶的增长速度，可以帮助控制疾病的发展。
只有一部分人群通过激素类药物的应用，是可以使得病灶有所缩小的。但是只要卵巢存在功能，在周期性的分泌雌激素，那药物治疗就不可能彻底的去除巧克力囊肿的病灶。
如果已经是年龄比较大的女性，病灶不是特别大，也有的人是可以保守治疗。直到绝经之后体内不分泌雌激素之后，那时病灶就会逐渐的萎缩，逐渐的消失掉的，也有的会形成持续的囊肿。