得了肛瘘以后如果不治疗，有可能会导致一些后遗症，甚至造成一些严重的后果。
首先，肛瘘由于会反复出现感染，就会导致肛门局部出现反复的肿痛以及流脓，会对患者的工作与生活造成比较大的影响。
其次，反复的感染有可能会导致，将单纯肛瘘变成复杂性的肛瘘，而增加后期治疗的难度，而且复杂性的肛瘘会导致肛门周围瘢痕增生，甚至对肛门功能造成影响。
再次，由于肛瘘会出现反复的流脓，局部也会持续的炎症刺激，有可能会导致局部组织变性，甚至癌变。