肛瘘手术以后主要的后遗症就是可能会有肛门的不完全性失禁，也就是对粪便以及肠道内气体的控制能力减弱。
肛瘘手术是属于破坏性的手术，一般对肛门周围的括约肌会有一定的损伤。如果肌肉组织损伤比较多，会影响到肛门括约肌的收缩功能，进而出现控制肛门的能力减弱。另外，肛瘘在手术以后还可能会有复发的情况，或者是由于手术疤痕的存在，会刺激肛门周围出现皮肤的潮湿、瘙痒或者是有局部的刺痛。
肛瘘是属于感染化脓性的疾病，诊断明确以后，一般都是需要通过手术进行治疗。