药物治疗先天性心脏病有效，目前先天性心脏病的治疗方法有手术治疗、介入治疗和药物治疗等。
药物治疗先天性心脏病有抗凝药，比如双香豆素、硝酸香豆素等、利尿剂，比如双氢克尿噻、氢氯噻嗪等、以及扩张血管的药，比如复方丹参片、血塞通等。
对于目前尚无根治方法的复杂先心病可以使用肺动脉下心室旷置术等姑息手术。对于终末性心脏病，无法用目前的手术方法治疗的复杂先心病，可以考虑心脏移植。对于缺损直径小、对血流动力学无明显影响的先天性心脏病，可不需要特殊治疗。