结肠闭锁分为高危性和低危性，如果是低危性手术并不复杂，有的甚至只需将皮肤切开就可以治愈，但是有的比较危险，就是高危性一些结肠闭锁，因为除了肛门没有形成之外，结肠部还有数段甚至于大面积的没有完全的生长，这就需要将结肠切除一部分进行治疗。
治疗的同时也要进行肛门功能的恢复，恢复后特别就是饮食治疗也是比较重要的，可以暂停禁食，等待手术危险期过后可以进行正常的饮食。
一般的过渡期是需要3~4个月的时间，然后每半年都需要进行体检一次。