动脉血栓和静脉血栓的主要区别是血栓的位置不同。
动脉血栓通常是白色血栓，比较容易发生在血流较快的部位或者当血栓形成时，比较容易出现在血流较快部位的起始部；静脉血栓大多是红色血栓，发生在血流流速比较缓慢的静脉，形成过程与血管外的凝血机制的过程相同。
除此之外，临床上动脉血栓的患者主要以疼痛为最主要的临床表现；而静脉血栓的患者主要以肢体肿胀为比较常见的临床症状，疼痛相对比较轻。在治疗上，动脉血栓主要是以抗血小板治疗为主；静脉血栓主要是以抗凝为主。