再障移植后发生的排异反应主要是皮肤，肠道和肝脏。
皮肤发生反应时出现皮疹，肉眼可以发现皮肤出现小红疹。肠道反应也比较常见，主要是恶心、呕吐、腹痛、腹泻等，严重的有可能会发生脓血便。肝脏也容易受到排异反应的攻击，会发生肝功能异常，临床表现是黄疸，化验可以出现转氨酶升高。另外还可以出现肺排异反应，以呼吸困难为主。
再障进行干细胞移植是一种根治的方法，有移植条件的可以选用这种方法。但是干细胞移植是采用异体细胞进行移植，移植后可以产生免疫活性细胞，这些免疫活性细胞会把患者的组织细胞当作异物进行反击，所以就会发生排异反应。