根尖脓肿需要根管治疗1~2次。急性根尖脓肿发作时，可在局麻下磨开髓腔，打通根尖孔到根管口的通道，促使脓液排出到口腔内，减轻根尖周围的压力。
疼痛缓解后，进行根管预备，反复冲洗、消毒，控制炎症后密闭管腔，封闭窝洞。慢性根尖脓肿会在牙根周围形成较大的骨质破坏区，可挖除病变组织，防止残留的上皮及软组织，引起反复感染。
必要时还要切除病变根尖，进行逆行性的根管充填，彻底去除增生组织，并应用MTA封闭根管断面，促进新组织形成，恢复牙齿的稳固。