小便很痛可能为普通尿路感染所引起，常见致病菌主要为金黄色葡萄球菌、大肠杆菌，也可见于革兰氏阴性菌或革兰氏阳性菌等。当尿路感染上述致病菌以后，容易对尿路黏膜形成刺激，就容易出现小便很痛的症状，部分患者还可出现急迫性尿失禁症状。
也可能为间质性膀胱炎所致，尤其在憋尿后，导致膀胱当中的尿液大量增加，致使小便很痛的症状进一步加重，还可伴有耻骨上膀胱区部位的疼痛症状。
另外，还可能为性传播疾病所致，临床上常见于生殖器疱疹、淋病、尖锐湿疣等疾病，都可造成小便疼痛，而且这些疾病具有传染性。