当肛窦炎经用药保守治疗症状仍然反复发作时，可以考虑进行手术治疗，手术治疗以后大多肛窦炎就可以得到治愈。
肛窦炎手术可以在局麻下进行，由于肛窦反复的炎症刺激，大多肛窦炎会伴有肛乳头增生，所以手术时需要完全切除肛乳头以及病变的肛窦炎。
术后患者应每天使用温水或者温盐水坐浴，并且口服润肠通便的药物，防止便秘、大便干燥而影响伤口的愈合，同时在3~5天以后进行指诊扩肛，以免局部伤口粘连。