军团菌肺炎的并发症，因病情不同而表现也不一。部分严重的军团菌肺炎患者可以出现肝功能的损害，此时多可以出现轻度到中度的损害。
有时患者可以出现明显的腹泻和纳差症状，从而可以导致低钠血症的形成。此外，军团菌肺炎患者还可以伴有不同程度的精神和神经系统的症状。患者常可以出现头痛、意识模糊、言语障碍、步行不稳等，有时还可以出现中毒性中枢神经系统损害。
患者还可以引起肾脏的相关并发症，例如蛋白尿、血尿、急性肾小球肾炎、肾盂肾炎等，严重的患者可以发生急性肾功能衰竭。部分患者心脏也有一定的损害，例如出现缓脉、心肌炎、心律失常等，有时还可以伴有白细胞下降等并发症。对于重症肺炎还可以形成呼吸衰竭。