甲亢合并肝病时对于肝病和甲亢的治疗都不利，应该慎重的考虑药物治疗方案。如果肝脏的酶学指标不超过正常值的2倍，可以在严密观察下使用抗甲状腺药物治疗，抗甲状腺药物治疗的用量应该偏小一些。
如果在治疗过程中，肝脏的酶学指标明显升高，要立即停药，并且积极治疗肝病。如果在治疗过程中，肝脏的酶学指标仍然未超过正常值的2倍，可以同时治疗肝病和甲亢。
如果肝脏酶学指标超过了正常值的2倍以上，甲亢的病情就不能接受抗甲状腺药物治疗或者是碘131治疗，这个时候应该在给予β受体阻滞剂等，对肝脏没有损害的药物，还有在保护肝脏的前提下，选择时机进行碘131治疗。