引起心肌炎的原因较多，其中大多数是由病原微生物感染所致，主要包括病毒、细菌、真菌、立克次体、螺旋体、寄生虫等。
除此之外，也可以由其他非感染因素所引起，例如物理化学因素包括某些抗癌药物、毒物、放射性物质等。还有自身免疫性疾病也可以引起心肌炎，如系统性红斑狼疮、血管炎、结节病等。
在所有的病因中以病毒感染最为多见，几乎所有的病毒感染都可能引起心肌炎，其中以肠道病毒，尤其是柯萨奇B组病毒，是最为常见的导致心肌炎的病毒。此外，巨细胞病毒、疱疹病毒也是常见的致心肌炎病毒。