直肠息肉并非只有手术才可以治疗。对于一些直肠炎症或者局部损伤导致的增生性息肉，以及炎症性息肉，并不需要行手术，应该以治疗直肠炎症或修复直肠局部损伤为主要治疗，以用药为主。经用药治疗以后，直肠息肉可能会自行消失，即使无法消失，一般也不需要特殊的治疗，因为其并不会出现恶变。
而如果直肠息肉为肿瘤性息肉，因为肿瘤性息肉有恶变的概率，所以应该及时行手术治疗。可以在内镜下行直肠息肉切除，也可以经肛门直视下切除，具体的手术方式应结合息肉大小、类型以及位置的高低。